O núcleo 2, coordenado pelo professor Andreas Gombert, tem um papel intermediário. É responsável pela caracterização das várias linhagens e espécies de leveduras e pela seleção daquelas que serão estudadas pelos demais grupos para desenvolvimento de processos.
O núcleo conta com os seguintes laboratórios associados:
- Laboratório de Engenharia Metabólica e Bioprocessos – Unicamp
- Laboratório de Biologia Molecular e Biotecnologia de Leveduras – UFSC
- Laboratório de Fisiologia de Microrganismos – UFV
- Laboratório de Microbiologia de Produtos Fermentados – UFV
- Laboratório de Biotecnologia Molecular – UFV
- Laboratório de Engenharia de Bioprocessos – USP