As leveduras não convencionais são fábricas celulares promissoras para a produção de lípidos e oleoquímicos, metabolitos de interesse industrial ( por exemplo , ácidos orgânicos, ésteres e álcoois) e enzimas. Podem também utilizar diferentes subprodutos agroindustriais como substratos no contexto de uma economia circular. Algumas destas leveduras também podem constituir encargos económicos e de saúde como agentes patogénicos. Modelos metabólicos em escala genômica (GEMs), redes reconstruídas com base nas informações genômicas e metabólicas de um ou mais organismos, são ótimas ferramentas para compreender funções e paisagens metabólicas, bem como propor alvos de engenharia para melhorar a produção de metabólitos ou propor novos alvos de medicamentos. Revisões anteriores sobre GEMs de levedura focaram principalmente na história e na avaliação dos paradigmas de modelagem de Saccharomyces cerevisiae ou na acessibilidade e usabilidade dos GEMs de levedura. No entanto, eles não descreveram as estratégias de reconstrução, limitações, validações, desafios e lacunas de pesquisa dos GEMs de levedura não convencionais. Aqui, nos concentramos na reconstrução de GEMs não- Saccharomyces disponíveis , na sua validação, ressaltando os insights fisiológicos, bem como na identificação de engenharia metabólica e alvos de drogas. Também discutimos os desafios e lacunas de conhecimento e propomos estratégias para impulsionar a sua utilização e novas reconstruções.